Антибиотики бессильны против вирусных и некоторых инфекционных заболеваний. Большинство респираторных заболеваний являются следствием вирусной инфекции. Так, простуда, ОРЗ, грипп, корь, краснуха, ветряная оспа, гепатит А, В и С, свинка, инфекционный мононуклеоз совсем не лечатся антибиотиками – такими, как ампициллин, эритромицин, оксациллин, – а также синтетическими антибактериальными средствами – такими, как бисептол, бактрим, септрин, сульфаниламиды и т. д. Перечисленные препараты просто бессильны против вирусов. Их применение необходимо только при возникновении бактериальных осложнений, которые, по сути, являются присоединением к вирусному заболеванию вторичной инфекции, с которой ослабленному организму больного человека трудно справиться самостоятельно. Однако и в этом случае антибиотики должны быть только дополнительным средством лечения на фоне использования в качестве основного лечения других препаратов – иммуноглобулиновых, противовирусных и т. п.
Антибиотики неэффективны против грибков, которые также могут быть возбудителями инфекционных заболеваний, например дрожжеподобные грибки рода кандида, приводящие к возникновению молочницы.

[!] Не следует принимать антибиотики для лечения дисбактериоза кишечника, так как препарат отрицательно воздействует на кишечную микрофлору, уничтожая полезные микробы и приводя к снижению иммунитета кишечника.

Некоторые инфекционные заболевания вызываются не самими бактериями, а продуцируемыми ими токсинами. К ним относятся дифтерия, ботулизм, столбняк и др. Лечение этих заболеваний требует использования антитоксических сывороток, наряду со средствами, убивающими самих микробов.
Без противотоксических препаратов лечение неэффективно и может привести к смерти больного.
Антибиотики не действуют на простейших возбудителей инфекций – амебы и лямблии.
Лечение антибиотиками бывает неэффективным и при ряде хронических инфекционных заболеваний, например пиелонефрите.
В таких случаях антибиотики назначаются только в периоды обострения болезни, а в остальное время следует принимать синтетические антибактериальные средства и проводить фитотерапию.
Антибиотики бессильны против глистов и других паразитов, становящихся причиной многих инфекционных заболеваний.